Органической производственной связью между специализированными предприятиями (цехами) является кооперирование, от уровня организации и четкости которой во многом зависит успех специализированного производства.

Производственным, кооперированием называют связь между производственными предприятиями (а также цехами и участками предприятия) для совместного изготовления продукции.

Специализация и кооперирование отражаются на структуре СРЗ и на характере оборудования его цехов. Например, кооперирование СРЗ с предприятиями по ремонту обменного фонда типовых судовых механизмов, судовой мебели, изготовлению запасных частей, инструмента, отливок, поковок, ремонту заводского оборудования создает возможность уменьшить размеры механосборочных, деревообрабатывающих цехов и сократить вспомогательные и заготовительные цехи. Это позволяет упростить структуру и управление СРЗ, более полно использовать производственную мощность предприятия для выполнения судоремонтных работ.

Пополнение флота судами серийной постройки с унифицированными механизмами и судовым оборудованием создает условия для развития специализации СРЗ и более широкого развития кооперированных связей, приближая производственные процессы СРЗ к более совершенным процессам машиностроительных и судостроительных предприятий.